Las fuentes históricas son ciertas: el 'Depositio martyrum' que data de 354, que lo recuerda el 20 de enero y el "Comentario sobre el Salmo 118" de S. Ambrogio (340-397), las pocas noticias fueron ampliadas y adornadas, por el más tarde 'Passio', probablemente escrito en el siglo V por el monje Arnobio el Joven.
San Sebastián, según S. Ambrosio, nació y creció en Milán, de padre de Narbona (Francia) y de madre milanesa, había sido educado para la fe cristiana, se mudó a Roma en 270 y se embarcó en una carrera militar alrededor de 283, hasta llegar a tribuno de la primera cohorte de la guardia imperial en Roma, estimado por su lealtad e inteligencia por los emperadores Maximiano y Diocleciano, que no sospechaban que era cristiano.
Gracias a su posición, pudo ayudar a los cristianos encarcelados con discreción, encargarse del entierro de los mártires y ser capaz de convertir a los soldados y nobles de la corte, donde había sido presentado por Castulo, un sirviente (cubicolario) de la familia imperial, quien luego murió como mártir.
Justo cuando, según la tradición, Sebastián había enterrado a los santos mártires Claudio, Castorio, Sinforiano, Nicostrato, llamados los "Cuatro Martires Coronados" (Quattro Coronati), en la vía Labicana, Maximiano lo arrestó y lo llevó a Diocleciano, quien ya estaba enfurecido por el rumor que se estaba extendiendo que, en el palacio imperial, había muchos cristianos entre los pretorianos, el tribuno apostrofeó: "Siempre te he mantenido entre los mayores de mi palacio y has trabajado en las sombras contra mí, insultando a los dioses".
Sebastián fue condenado a ser atravesado por flechas; atado a un poste en un área de la colina del Palatino llamada "campus". Dado por muerto por los soldados que lo habían atravesado, lo dejaron allí para alimentar a los animales salvajes, pero la noble Irene, viuda del mencionado S. Castulo, fue a recuperar su cuerpo para enterrarlo, se dio cuenta de que el tribuno no estaba muerto y transportado a su casa en el Palatino, lo cuidó de numerosas heridas.
Milagrosamente Sebastian logró sanar y luego, a pesar de los consejos de sus amigos de huir de Roma, decidió proclamar su fe nuevamente ante Diocleciano y su asociado Maximiano, mientras que los emperadores acudieron para las funciones al templo erigido por Elagabalus, en honor del Invitto Sun.
Habiendo escuchado los reproches de Sebastian por la persecución de los cristianos, inocentes de las acusaciones hechas contra ellos, Diocleciano ordenó que esta vez se le azotara hasta la muerte; la ejecución tuvo lugar en 304 ca. En el Hipódromo Palatino, el cuerpo fue arrojado al Cloaca Máximo, para que los cristianos no pudieran recuperarlo.
El mártir apareció en sueños a la matrona Lucina, indicando el lugar donde había aterrizado el cadáver y ordenándole enterrarlo en el cementerio "ad Catacumbas" en la Via Appia. Hasta finales del siglo VI, los peregrinos iban allí atraídos por la "memoria" de san Pedro y de san Pablo, en la basílica de Constantiniano erigida en memoria de los dos apóstoles justo encima del cementerio, también visitaron la tumba del mártir, cuya figura se había vuelto muy popular y cuando en 680 se atribuyó a su intercesión, el final de una grave plaga en Roma.
El mártir san Sebastián fue elegido intercesor contra las epidemias y la iglesia comenzó a llamarse "Basílica Sancti Sebastiani". Por su trabajo de asistencia a los cristianos, fue proclamado por el Papa San Cayo "defensor de la Iglesia". El santo es venerado el 20 de enero y es considerado el tercer patrón de Roma, después de los dos apóstoles Pedro y Pablo.