Pocos datos poseemos sobre la infancia y juventud de San Cirilo. Probablemente nacido en Alejandría entre el 370 y el 373. Su educación debió de ser muy esmerada: sus obras atestiguan un conocimiento extenso, además de la Biblia y de los escritores eclesiásticos, de los autores paganos. Posteriormente tal vez se retiró al desierto, donde recibió de los monjes la educación ascética, según parece deducirse de las cuatro cartas íntimas que le escribió S. Isidoro de Pelusio.
El primer dato seguro que tenemos de su vida aparece en el año 403, cuando, acompañando a su tío Teófilo, obispo de Alejandría, asiste al concilio de la Encina, cerca de Calcedonia.
Al morir Teófilo el 15 de octubre del 412 d. C. es elegido Patriarca de Alejandría, no obstante la oposición de muchos, que temían fuese el candidato de naturaleza impaciente y dominadora, fiel trasunto de su tío.
A juzgar por las primeras actuaciones de su pontificado, no carecían de fundamento las aprensiones de los que se oponían a la elevación de Cirilo a la sede alejandrina.
Parece inconsiderado y violento contra los novacianos, riguroso en extremo con los judíos, frío y tirante en sus relaciones con Orestes, gobernador imperial de Alejandría.
Pero, afortunadamente, el sobrino, que comenzó como un nuevo Teófilo, acabó siendo un santo, dominando y educando sus impulsos.
Y no sólo esto: por su ciencia profunda y por su lucha incansable contra la herejía, la figura de Cirilo cobró tales dimensiones que con justicia se le tiene como uno de los primeros Padres de la Iglesia oriental, alcanzando bien merecida e imperecedera fama.
La figura de Cirilo empieza a emerger con auténtico relieve en la grave crisis suscitada por Nestorio en torno a la doctrina cristológica. En efecto, apenas elevado a la sede patriarcal de Constantinopla, el año 428, comenzó Nestorio a predicar las doctrinas peligrosas de Teodoro de Mopsuestia y Diodoro de Tarso, negando la unidad personal de Cristo y la maternidad divina de María, madre de Jesús.
Decía el Patriarca de Constantinopla que era pura fábula pagana la idea de un Dios envuelto en pañales y crucificado. La agitación consiguiente entre los fieles fue enorme; el Patriarca alejandrino Cirilo se hace eco de las protestas populares, y se convierte en el abanderado de la ortodoxia.
En la carta pastoral que dirige a todos sus fieles, durante la primavera del 429, Cirilo refuta los argumentos de Nestorio; poco después vuelve a defender la doctrina ortodoxa en una extensa carta-encíclica dirigida a todos los monjes de Egipto.
No paró ahí la actividad del patriarca de Alejandría: dirigiéndose a su colega de Constantinopla, le invita a retractarse de sus ideas. Pero todo fue en vano.
Ante la difícil situación creada en Oriente y, después de haber cruzado sin éxito algunas cartas, Nestorio y Cirilo apelan al arbitraje del papa Celestino, quien convocó un concilio en Roma para estudiar la cuestión.
Este sínodo declaró a Nestorio incurso en herejía y le conminó con la deposición si no se retractaba de sus errores diez días después de haber recibido la sentencia sinodal.
Fue Cirilo encargado por Roma para transmitir la comunicación a Nestorio, mediante una carta del Papa, a la que él adjuntó una fórmula de fe aprobada el año 430 en un sínodo de Alejandría y, además, una lista de 12 anatematismos de los errores que debía abjurar.
No quedaba más que una posibilidad para evitar una ruptura violenta en la Iglesia oriental: un concilio general. El emperador Teodosio II convocó en Éfeso a todos los metropolitanos y obispos del Imperio para la fiesta de Pentecostés del 431, con el fin de que asistieran a un sínodo, que se haría famoso en la Historia como el tercer concilio ecuménico.
El concilio, en su primera sesión (22 junio 431), condenó a Nestorio como reo de herejía y lo depuso de su sede. Todavía hubo de vencer Cirilo la obstinación de los obispos de la provincia antioquena, que se habían adherido, más o menos abiertamente, a las tesis de Nestorio.
Al fin, se reconcilió con ellos el año 433, desapareciendo de este modo el cisma antioqueno, aunque no el nestorianismo, que se extendió por Caldea y otras regiones de Asia, donde aún subsisten sus seguidores con el nombre de «cristianos de Santo Tomás». S. Cirilo murió el 27 de junio del 444, sin haber logrado vencer todas las resistencias.
