El prelado permanece recluido en el Seminario de Sheshan, a los pies del importante Santuario mariano de Nuestra Señora de Sheshan, desde 2012, en la fecha misma de su ordenación episcopal. Mons Ma Daqin llamó la atención de la opinión pública internacional al renunciar a la Asociación Patriótica, el órgano de control oficialista de la Iglesia local, por considerarla incompatible con su nueva misión al frente de la Iglesia en Shanghai. El intrépido movimiento fue duramente castigado: las autoridades confinaron al nuevo Obispo al Seminario y lo despojaron de los signos externos de su autoridad y de la posibilidad de ejercer su ministerio.
El caso del Obispo es emblemático. Fue nombrado con la rara característica de haber sido tanto elegido por el Papa como aprobado por las autoridades chinas. Pero la situación que generó su dimisión demostró la actitud del gobierno frente a la disidencia, el prelado fue objeto de fuertes presiones y cursos con contenidos políticos y, cinco años después de su retención, se anunció su regreso a la Asociación Patriótica, pero bajo el título de "Padre Ma Daqin". Los católicos en China lamentaron tanto la decisión del Obispo como la permanencia del castigo sobre el prelado, mientras que la Iglesia continúa considerándolo Obispo.
El pasado 24 de mayo, cerca de siete años después de su arresto domiciliario, un escrito en su blog personal, usado muy ocasionalmente, devuelve la atención sobre su caso. El prelado, sin comentar nada sobre su condición actual, publicó la Oración a Nuestra Señora de Sheshan compuesta por Benedicto XVI e incluída en su célebre Carta a los Católicos Chinos de 2007. Al final de este texto, el Obispo incluyó algunas invocaciones a la Madre de Dios.
"Virgen Santísima, Madre del Verbo Encarnado y Madre nuestra, venerada en el Santuario de Sheshan bajo el título de "Auxilio de los cristianos", toda la Iglesia en China te mira con afecto devoto. Estamos ante ti hoy para implorar tu protección. Mira al Pueblo de Dios y, con el cuidado de una madre, guíalo a través de los caminos de la verdad y el amor, para que siempre puedan ser una levadura de convivencia armoniosa entre todos los ciudadanos", citó Mons. Ma Daqin, quien agregó algunas jaculatorias. "Madre de China, ¡ruega por nosotros!Madre de Sheshan, ¡ruega por nosotros! Madre Auxiliadora, ¡ruega por nosotros! Madre del Buen Consejo, ¡ruega por nosotros!".